Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że żądanie zwrotu bonifikaty udzielonej przy wykupie mieszkania komunalnego nie jest decyzją administracyjną, a więc sprawy związane z tą problematyką może rozstrzygać wyłącznie sąd powszechny. Zawieranie umowy sprzedaży lokalu mieszkalnego w formie aktu notarialnego przemawia za tym, iż jest to czynność cywilnoprawna a nie decyzja administracyjna.

NSA podkreślił, że skoro sprzedaż nieruchomości jest stosunkiem cywilnoprawnym, uregulowanym w Kodeksie cywilnym, również sprawa zwrotu bonifikaty jest sprawą cywilną. Powinna więc być rozpoznana w postępowaniu sądowym, chyba że przepis szczególny przekazał ją do rozpoznania innemu organowi. Takiego przepisu szczególnego nie ma.

Rozważenia wymaga brzmienie art. 68 ust. 2 ustawy o gospodarce nieruchomościami, który przewiduje, że w razie niespełnienia określonych warunków właściwy organ może żądać zwrotu bonifikaty. Sformułowanie "może żądać" jest typowym wyrazem roszczenia cywilnoprawnego. Zdaniem NSA przepis ten daje wyraz uprawnieniu sprzedawcy nieruchomości do domagania się od nabywcy zapłaty odpowiedniej kwoty (sygn. OPK 15/00).